ชินภัทร เคยได้แชมป์ฟุตบอลอาเซียนชิงแชมป์เยาวชนอายุไม่เกิน 16 ปี ในปี 2015 กับทีมชาติไทย ยู-16 และเหรียญทองกีฬาฟุตบอลในซีเกมส์ 2017 กับทีมชาติไทย ยู-23

ในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2561 เขาได้รับคัดเลือกให้เป็นผู้เล่นในทีมชาติไทย สำหรับการแข่งขันฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทานคิงส์คัพ 2018 แต่ไม่ได้ลงแข่งขัน

ต่อมาในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2562 ชินภัทร ได้รับคัดเลือกให้เป็นกัปตันทีม สำหรับทีมชาติไทย ยู-23 ในการแข่งขันฟุตบอลเอเชียเยาวชนอายุไม่เกิน 23 ปี 2020 รอบคัดเลือก[1]

ในวันที่ 28 กันยายน พ.ศ. 2562 ชินภัทรมีชื่อติด ทีมชาติไทยรุ่นอายุไม่เกิน 23 ปี ในรอบเบื้องต้น 28 คน สำหรับการแข่งขันฟุตบอลชายในซีเกมส์ 2019 ที่ประเทศฟิลิปปินส์[2]